元々、ソフトウェアや、データベース、ネットワークなどのシステム開発を行っているシステム会社、あるいはコンピュータ会社などが、ホームページ制作も行っている場合があります。
有名なところだと、富士通やIBMなどを上げることができます。
システム開発だけを行っていたこのような会社が、1990年代半ば、「マルチメディア」という言葉（ブーム？）に敏感に反応し、インターネットの存在を重視するようになりました。
これらの会社は、システム開発という強みを生かして、大規模なバックエンドシステムやロジスティクス（*）システムと連動する形でのホームページ制作を得意とし、各社競ってインターネット業界に進出してきました。このようなシステム系の開発会社は、比較的、企業規模の会社が多いです。
大規模ECショップや決済が絡むような会員サイト、基幹システムとの連携が必要なホームページを考えているのであれば、こういった開発会社の見積もりをとってみましょう。

IBMクラスの大企業になると、ホームページ制作のビジュアル面については、デザイン会社に下請け発注することがほとんどです。そのため、バックエンドシステム、デザイン等、それぞれを、専門の人が受け持つことになるので、良質のものができるかもしれません。
ただしその場合、関係者が増えることでデザインに関する希望が直接デザイナーに届かなくなるなどのリスクも多くなり、ハンドリングに手間がかかることがあります。また、一概にはいえませんが、ホームページ制作だけを頼む場合には、他のタイプのホームページ制作会社に比べてコストパフォーマンスが良くない場合があります。


（*）「物流」や「輸送」といった狭義の意味で使われることが多いが、フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』では、「ロジスティクスとは、サプライチェーンプロセスの一部であり、顧客の要求を満たすために、発生地点から消費地点までの効率的・発展的な「もの」の流れと保管、サービス、および関連する情報を計画、実施、およびコントロールする過程である。 」と、より広義な意味で定義されています。